Հիմնադրամն իր գործունեությունն իրականացնում է իր մարմինների միջոցով: Հիմնադրամի մարմիններն են Հիմնադրամի հոգաբարձուների խորհուրդը և Հիմնադրամի տնօրենը:
Հոգաբարձուների խորհուրդ
Հիմնադրամի կառավարման բարձրագույն և հսկողություն իրականացնող մարմինը հիմնադրամի հոգաբարձուների խորհուրդն է (ՀԽ):
ՀԽ-ն ունի 11 անդամ, որոնք չեն կարող լինել հիմնադրամի այլ մարմնի անդամ:
Խորհրդի կազմված է պետական կառավարման մարմինների, պետական և հասարակական հատվածների ներկայացուցիչներից, որոնց գիտելիքները և փորձը համապատասխանում են ՀԽ անդամի նկատմամբ սահմանված պահանջներին: ՀԽ-ի ներկայացուցչական կազմը սահմանվում է Հիմնադրամի կանոնադրությամբ: ՀԽ անվանական կազմը հաստատվել է ՀՀ վարչապետի 2005թ. Հուլիսի 26-ի N 572-Ա որոշմամբ:
Խորհուրդն իրականացնում է «Հիմնադրամների մասին» ՀՀ օրենքով, ՀՀ կառավարության որոշումներով և Հիմնադրամի կանոնադրությամμ սահմանված գործառություններ: Արտաքին ֆինանսավորման ծրագրերով Հայաստանի Հանրապետությանը տրամադրվող միջոցների հաշվին Հիմնադրամի կողմից ծրագրեր իրականացնելիս Խորհուրդը հանդես է գալիս որպես տվյալ ծրագրի կառավարման Խորհուրդ և համակարգում է Ծրագրի իրականացման կապակցությամբ գործողությունների իրականացումը:
Խորհրդի իրավասությունների շրջանակը՝
հիմնադրամի ռազմավարական ծրագրի (ծրագրերի) հաստատում,
հիմնադրամի բյուջեի, դրանում կատարվող փոփոխությունների, տարեկան ֆինանսական հաշվետվությունների, գործունեության տարեկան հաշվետվությունների հաստատում,
հիմնադրամի գույքի տնօրինման կարգի հաստատում,
հիմնադրամի վերակազմակերպման մասին որոշման ընդունում,
խորհրդի նոր անդամների ընտրություն և խորհրդի անդամների լիազորությունների վաղաժամկետ դադարեցման մասին որոշումների ընդունում,
հոգաբարձուների խորհրդի նախագահի, հիմնադրամի տնօրենի ընտրություն և նրա լիազորությունների դադարեցում, այդ թվում` նաև վաղաժամկետ,
հիմնադրամի ղեկավար անձնակազմի հաստատում` տնօրենի ներկայացմամբ,
հիմնադրամի կանոնադրության մեջ փոփոխություն կամ լրացում կատարելու, նոր խմբագրությամբ կանոնադրությունը հաստատելու մասին որոշումների ընդունում,
տնտեսական ընկերությունների ստեղծման կամ դրանցում մասնակցության, ինչպես նաև առանձնացված ստորաբաժանումների և հիմնարկների ստեղծման և դրանց կանոնադրությունների հաստատման մասին որոշումների ընդունում,
հիմնադրամի ֆինանսատնտեսական գործունեության վերահսկում,
եռամսյա պարբերականությամբ հիմնադրամի տնօրենի հաշվետվությունների լսում,
իր որոշումների կատարման ընթացքի վերահսկում,
հիմնադրամի աուդիտ իրականացնող անձի ընտրություն,
օրենքով և սույն կանոնադրությամբ իրեն վերապահված այլ լիազորությունների իրականացում:
Խորհրդի իրավասության հարցերը չեն կարող փոխանցվել այլ մարմնի:
Խորհրդի նախագահը`
կազմակերպում է խորհրդի աշխատանքները,
գումարում է խորհրդի նիստերը և նախագահում դրանք,
կազմակերպում է նիստերի արձանագրությունների վարումը:
Խորհրդի նախագահին ընտրում են խորհրդի անդամները` իրենց կազմից: Նախագահի բացակայության դեպքում նրա պարտականությունները խորհրդի որոշմամբ կատարում է անդամներից մեկը:
Հիմնադրամի Տնօրեն
Հիմնադրամի ընթացիկ գործունեության կառավարման բոլոր հարցերը՝ բացառությամբ օրենքով և սույն կանոնադրությամբ խորհրդի իրավասություն հանդիսացող հարցերի, իրականացնում է տնօրենը: Տնօրենը կազմակերպում է խորհրդի որոշումների կատարումը:
Հիմնադրամի տնօրենն առաջին անգամ պաշտոնի է նշանակվում հիմնադրի կողմիցէ 4 տարի ժամկետով, որը կարող է երկարաձգվել:
Հիմնադրամի տնօրենը`
ղեկավարում է Հիմնադրամի գործունեությունը,
տնօրինում է հիմնադրամի գույքը, այդ թվում` ֆինանսական միջոցները, հիմնադրամի անունից կնքում է գործարքներ,
ներկայացնում է հիմնադրամը Հայաստանի Հանրապետությունում և օտարերկրյա պետություններում,
գործում է առանց լիազորագրի և տալիս է լիազորագրեր,
սահմանված կարգով կնքում է պայմանագրեր (այդ թվում՝ աշխատանքային),
բանկերում բացում է հիմնադրամի հաշվարկային (այդ թվում՝ արտարժութային) և այլ հաշիվներ,
խորհրդի հաստատմանն է ներկայացնում հիմնադրամի աշխատանքային ներքին կանոնակարգը, առանձնացված ստորաբաժանումների, հիմնարկների ու հիմնադրամի կողմից հիմնադրվող տնտեսական ընկերությունների կանոնադրությունները, հիմնադրամի վարչակազմակերպչական կառուցվածքը և հաստիքացուցակը.
իր իրավասության սահմաններում արձակում է հրամաններ, հրահանգներ, տալիս կատարման համար պարտադիր ցուցումներ և վերահսկում դրանց կատարումը,
աշխատանքի է ընդունում և աշխատանքից ազատում հիմնադրամի աշխատողներին,
հիմնադրամի աշխատողների նկատմամբ կիրառում է խրախուսման և կարգապահական պատասխանատվության միջոցներ,
իրականացնում է օրենքով, սույն կանոնադրությամբ և հիմնադրի հանձնարարականներով նախատեսված այլ լիազորություններ:
Տնօրենն այլ կազմակերպությունում կարող է զբաղեցնել վճարովի պաշտոն` միայն խորհրդի համաձայնությամբ: